紧接着，贾南风施展一石二鸟之计。她先矫诏诱使楚王司马玮攻杀秉政的汝南王司马亮与卫灌，而后以擅杀权臣之罪将楚王司马玮处死。如此一来，贾南风成功剪除了明面与潜在的反对势力，得以专擅朝政。

因太后杨芷曾在布帛上写下“救太傅（杨骏）者有赏”，贾南风便宣称太后一同谋反。

同年（291年），贾南风正式决定废黜太后杨芷。朝堂之上，群臣商议此事，多数人顺应旨意，认为杨芷应被废黜。唯有太子少傅张华提出反对意见，他认为可仿效汉朝废太后赵飞燕为孝成后的先例，贬太后称号，仍称武皇后，让其居于别宫，而不应废为庶人。但贾南风拒不采纳，执意将太后杨芷废为庶人。

贾南风矫诏废皇太后杨氏为庶人后，将她迁往自己也曾被囚禁过的金墉城。次年，太后杨芷竟被活活饿死。

在诛杀权臣杨骏、废黜太后杨芷后，贾南风征召司马亮为太宰，与太保卫瓘一同录尚书事，共同辅政。同时，任命司马玮为卫将军，司马繇为尚书左仆射。贾南风则与族兄贾模、从舅郭彰、妹妹贾午之子贾谧，以及司马玮和司马繇一同干预国事。

司马繇企图废掉贾南风，却因司马亮指控他意图专擅朝政而被免官，流放至带方郡，危机方才化解。此后，贾南风看准司马玮与司马亮不和，让司马衷罢免二人，后又矫诏命司马玮诛杀司马亮和卫瓘这两位辅政大臣。司马玮诛杀二人后，太子少傅张华派董猛劝说贾南风趁机诛杀司马玮，贾南风听从建议，宣称司马玮矫诏杀害司马亮和卫瓘，致使司马玮部下四散，司马玮最终被捕诛杀。

司马亮、卫瓘和司马玮被杀后，贾南风得以独揽大权，史称“专制天下，威服内外”。她开始广树党羽，任命贾模为散骑常侍，加侍中，张华为侍中、中书监。

贾南风考虑到张华出身庶族（寒门），为人儒雅且富有谋略，进不会对皇权构成威胁，退又能为众人所信服，于是委任张华辅佐朝政。张华尽心尽力匡扶朝政，弥补疏漏，贾南风虽生性凶险，却也懂得敬重张华。于是贾模与张华、裴頠等人齐心协力辅政，在之后的数年里，尽管皇帝昏庸、皇后暴虐，但天下仍能保持“海内晏然”“朝野安静”的局面，张华等人功不可没。

自元康元年（291年）贾南风执政起，西晋正式推行禄田制，即以公田收入作为官吏俸禄的制度。据《晋书·职官志》记载：“元康元年，给菜田十顷，田驺十人，立夏后不及田者，食奉一年。”禄田制在东汉末年便已出现，而贾南风执政期间将其正式制度化。

元康七年（297年），贾南风提拔刘颂为吏部尚书，对职官制度进行改革，创立九班制。史载刘颂“建九班之制，欲令百官居职希迁，考课能否，明其赏罚。贾他早年曾提出建议‘官久非难也，连其班级，自非才宜，不得傍转以终其课’”。九班制着重革除增位秩序的弊端，简化“等级繁多”的官资等级规定，旨在消除通过傍转迁职来积累官位资历的制度根源。该制度通过“连其班级”，大幅简化繁复具体的官资等级，定为九班，并取消官僚通过“傍转”积累仕进资历资格的规定，使百官“居职希迁”，能长久担任其职。

贾南风执政的元康四年（294年），匈奴人郝散率众起兵攻打西晋上党地区，后投降西晋，却惨遭杀害。

元康六年（296年）夏，匈奴人郝度元联合冯翊（治今陕西大荔）、北地（治今陕西铜川耀州区）等郡的羌、胡一同起兵反晋。彼时关中地区饥荒严重，百姓流离失所，疾疫横行。八月，雍州刺史解系被郝度元击败，秦、雍二州氐、羌民众纷纷响应，推举氐人齐万年为帝。齐万年拥兵七万（一说有众数十万），进围泾阳（今甘肃平凉西北），关中地区为之震动。十一月，贾南风派遣安西将军夏侯骏、建威将军周处前往征讨，受梁王司马肜节制。司马肜身为宗室贵戚，与夏侯骏在关中作战时，进不贪图功劳，退不惧担罪责，士卒虽多，却不听从调遣。齐万年屯兵梁山（今陕西乾县西北），周处仅率五千士兵进击。司马肜因与周处素有旧怨，竟切断其归路。周处最终被齐万年大军包围，在六陌（今陕西乾县东）战败阵亡。