元康八年（298年），在张华等人的举荐下，贾南风派左积弩将军孟观率领宿卫兵与关中士卒出征。历经大小十余战，于次年（299年）正月在中亭（今陕西武功西）击败氐羌军，擒杀齐万年。

贾南风的母亲郭槐见她无子，时常劝说她疼爱太子司马遹，直至临终仍恳切要求贾南风善待太子。然而贾南风充耳不闻，与充华赵粲、妹妹贾午一同谋划谋害太子。

公元299年（元康九年），贾南风谎称当年在武帝丧期曾有孕生子，因事情隐秘未对外公布，还将妹夫韩寿之子韩慰祖冒充亲生儿子，意图废掉司马遹，立韩慰祖为太子。为此，她强行灌醉司马遹，让其在酒醉迷糊中写下“陛下宜自了，不自了，吾当入了之。中宫又宜速自了，不自了，吾当手了之。并与谢妃共要，刻期两发，勿疑犹豫，以致后患。茹毛饮血于三辰之下，皇天许当扫除患害，立道文为王，蒋氏为内主。愿成，当以三牲祠北君。”的字句。由于酒醉，有一半的字不成字型，贾南风又加以修改，最终将字句呈给司马衷和各宗室，称司马遹谋反，最终废掉其太子之位，将他与三个年幼的儿子一同囚禁在金墉城，还杀害了司马遹的生母谢玖和司马虨的生母蒋俊。司马遹的岳父王衍急忙奏请离婚，司马遹的妻子王惠风只能痛哭离去。

公元300年（永*康元年），因素有威望的太子被废，众人义愤填膺。右卫督司马雅、常从督许超、殿中中郎士猗等人图谋废掉贾南风，重新拥立司马遹为太子，并向赵王司马伦的亲信孙秀游说。孙秀听后表示同意，并告知司马伦，企图为司马伦谋取权力。随后，孙秀施展反间计，声称宫中有人打算废掉贾南风，让司马遹复位。贾南风多次派宫婢微服到民间打探消息，得知众人欲废后，惊恐万分。司马伦和孙秀便劝贾谧尽早杀掉废太子司马遹，以绝民众之望。

贾南风遂命太医令程据准备毒药，矫诏派黄门孙虑前去毒杀司马遹。但司马遹不肯服食，孙虑最终用药杵将其杀害。这一行为成为赵王司马伦讨伐贾南风的借口。

次月，赵王司马伦假造诏书，以谋害太子的罪名欲废掉贾南风，得到众多人支持。他入宫后立即杀掉贾谧，又派齐王司马冏收捕贾南风。贾南风见司马冏深夜入宫，顿感大事不妙，惊问：“你来此何事？”“奉诏书收捕皇后！”司马冏回应道。贾南风又问：“诏书本应由我发出，你奉的什么诏？”司马冏不再理会，将她押出后殿。行至上阁，隐约看到司马衷的身影，贾南风远远呼喊：“陛下，您眼睁睁看着自己的皇后被人废掉，最终不也会危及陛下自身吗？”喊了一阵，见无济于事，又问司马冏：“起事者是何人？”司马冏毫不隐瞒，答道：“是赵王和梁王。”贾南风听后，悔恨交加，恶狠狠地骂道：“拴狗应当拴住脖子，我却反倒拴住了狗尾巴，真是自作自受。只恨当年没先除掉这两个老东西，如今反被他们咬了一口。”

之后，贾南风被押往金墉城，被废为庶人，其党羽如赵粲、贾午、程据等也被收捕。与此同时，司马伦将一些有声望的大臣如司空张华、尚书仆射裴頠等收捕并处死，以便专权。司马伦在诛杀贾后党羽和张华等人后，自领相国之位，独揽大权，不久便用金屑酒毒杀了贾南风。