万历初，冬月，诏停刑者三矣。五年九月，司礼太监孙得胜复传旨：“奉圣母谕，大婚期近，命阁臣于三覆奏本，拟旨免刑。”张居正言：“祖宗旧制，凡犯死罪鞫问既明，依律弃市。嘉靖末年，世宗皇帝因斋醮，始有暂免不决之令，或间从御笔所勾，量行取决。此特近年姑息之弊，非旧制也。臣等详阅诸囚罪状，皆灭绝天理，败伤彝伦，圣母独见犯罪者身被诛戮之可悯，而不知彼所戕害者皆含冤蓄愤于幽冥之中，使不一雪其痛，怨恨之气，上干天和，所伤必多。今不行刑，年复一年，充满囹圄，既费关防，又乖国典，其于政体又大谬也。”给事中严用和等亦以为言。诏许之。十二年，御史屠叔明请释革除忠臣外亲。命自齐、黄外，方孝孺等连及者俱勘豁。帝性仁柔，而独恶言者。自十二年至三十四年，内外官杖戍为民者至百四十人。后不复视朝，刑辟罕用，死囚屡停免去。天启中，酷刑多，别见，不具论。

庄烈帝即位，诛魏忠贤。崇祯二年，钦定逆案凡六等，天下称快。然是时承神宗废弛、熹宗昏乱之后，锐意综理，用刑颇急，大臣多下狱者矣。六年冬论囚，素服御建极殿，召阁臣商榷，而温体仁无所平反。陕西华亭知县徐兆麒抵任七日，城陷，坐死。帝心悯之，体仁不为救。十一年，南通政徐石麒疏救郑三俊，因言：“皇上御极以来，诸臣丽丹书者几千，圜扉为满。使情法尽协，犹属可怜，况怵惕于威严之下者。有将顺而无挽回，有揣摩而无补救，株连蔓引，九死一生，岂圣人惟刑之恤之意哉！”帝不能纳也。是年冬，以彗见，停刑。其事关封疆及钱粮剿寇者，诏刑部五日具狱。十二年，御史魏景琦论囚西市，御史高钦舜、工部郎中胡琏等十五人将斩，忽中官本清衔命驰免，因释十一人。明日，景琦回奏，被责下锦衣狱。盖帝以囚有声冤者，停刑请旨，而景琦仓卒不辨，故获罪。十四年，大学士范复粹疏请清狱，言：“狱中文武累臣至百四十有奇，大可痛。”不报。是时国事日棘，惟用重法以绳群臣，救过不暇，而卒无救于乱亡也。