提督操江一人。以副佥都御史为之，领上、下江防之事。

通政使司。通政使一人，右通政一人，右参议一人，掌收呈状，付刑部审理。经历一人。

大理寺。卿一人，右寺丞一人，司务一人，左、右寺正各一人，左、右评事各三人。隆庆三年，革左、右评事各一人。

詹事府。主簿一人。

翰林院。学士一人，不常置，以翰林坊局官署职。孔目一人。

国子监。祭酒一人，司业一人，监丞一人，典簿一人，博士三人，助教六人，学正五人，学录二人，典籍一人，学馔一人。嘉靖三十七年，革助教二人及掌馔。隆庆四年，革博士一人，学正一人。

太常寺。卿一人，少卿一人，典簿一人，博士一人，协律郎二人，赞礼郎七人，嘉靖中，革赞礼郎一人。司乐二人。各祠祭署合奉祀八人，祀丞七人。天、地坛奉祀一、祀丞一。山川坛、耤田奉祀一。祖陵奉祀、祀丞各一。皇陵奉祀、祀丞各二。孝陵、扬王坟、徐王坟各奉祀一，祀丞一。嘉靖后，革天地坛、祖陵、扬王坟三祠祭署祀丞。

光禄寺。卿一人，少卿一人，隆庆四年，革少卿。典簿一人。大官、珍羞、良酝、掌醢四署，各署正一人，署丞一人。嘉靖中，革良酝、掌醢二署署丞。万历中，革珍羞署丞。

太仆寺。卿一人，少卿二人，寺丞二人，隆庆中，革少卿一人，寺丞一人。主簿一人。

鸿胪寺。卿一人，主簿一人。司仪、司宾二署，各署丞一人，鸣赞四人，序班九人。

尚宝司。卿一人。

吏、户、礼、兵、刑、工六科。给事中六人。又户科给事中一人，管理后湖黄册。

行人司。左司副一人。

钦天监。监正一人，监副一人，主簿一人。五官正一人，五官灵台郎二人，五官监候一人，五官司历一人。

太医院。院判一人，吏目一人。惠民药局、生药库，各大使一人。

五城兵马司。指挥各一人，副指挥各三人，吏目各一人。万历中，革副指挥每城二人。

应天府。府尹一人，府丞一人，治中一人，通判二人，推官一人，经历、知事、照磨、检校各一人。儒学教授一人，训导六人。所辖，上元、江宁二县，各知县一人，县丞一人，主簿一人，典史一人。司狱司，司狱一人。织染局，大使一人，左、右副使各一人。都税司、宣课司，凡四，龙江、江东、聚宝门、太平门。税课局，凡二，龙江、龙潭。各大使一人，副使或一人或二人。龙江递运所，大使、副使各一人。批验所，大使一人。河泊所，官一人。龙江关、石灰山关，各大使一人，副使四人。洪武三年，改应天府知府为府尹，秩正三品，赐银印。十三年，始立儒学。

南京官，自永乐四年成祖往北京，置行部尚书，备行在九卿印以从。是时，皇太子监国，大小庶务悉以委之。惟封爵、大辟、除拜三品以上文武职，则六科都给事中以闻，政本故在南也。十八年，官属悉移而北，南京六部所存惟礼、刑、工三部，各一侍郎，在南之官加“南京”字于职衔上。仁宗时补设官属，除“南京”字。正统六年，定制复如永乐时。

王府长史司。左、右长史各一人。正五品其属，典簿一人，正九品所辖，审理所，审理正一人，正六品副一人，正七品典膳所，典膳正一人，正八品副一人，从八品奉祠所，奉祠正一人，正八品副一人，从八品典乐一人，正九品典宝所，典宝正一人，正八品副一人，从八品纪善所，纪善二人，正八品良医所，良医正一人，正八品副一人，从八品典仪所，典仪正一人，正九品副一人，从九品工正所，工正一人，正八品副一人，从八品。以上各所副官，嘉靖四十四年并革。伴读四人，从九品，后止设一人。教授无定员，从九品引礼舍二人，后革二人。仓大使、副使各一人，库大使、副使各一人。仓、库副使后俱革。郡王府，教授一人，从九品典膳一人。正八品镇国将军教授一人。从九品

长史，掌王府之政讼，辅相规讽以匡王失，率府僚各供乃事，而总其庶务焉。凡请名、请封、请婚、请恩泽，及陈谢、进献表启、书疏，长史为王奏上。若王有过，则诘长史。曾经过犯之人，毋得选用是职。审理，掌推按刑狱，禁诘横暴，无干国纪。典膳，掌祭祀、宾客，王若妃之膳羞。奉祠，掌祭祀乐舞。典宝，掌王宝符牌。纪善，掌讽导礼法，开谕古谊，及国家恩义大节，以诏王善。良医，掌医。典仪，掌陈仪式。工正，掌缮造修葺宫邸、廨舍。伴读，掌侍从起居，陈设经史。教授，掌以德义迪王，校勘经籍。凡宗室年十岁以上，入宗学，教授与纪善为之师。引礼，掌接对宾客，赞相威仪。