明初，设四部于中书省，分掌钱谷礼仪、刑名、营造之务。洪武元年始置吏、户、礼、兵、刑、工六部，设尚书、侍郎、郎中、员外郎、主事，尚书正三品，侍郎正四品，郎中正五品，员外郎正六品，主事正七品。仍隶中书省。六年，部设尚书二人，侍郎二人。吏部设总部、司勋、考功三属部，部设郎中、员外郎各一人，主事各二人。十三年，罢中书省，仿《周官》六卿之制，升六部秩，各设尚书、侍郎一人。惟户部侍郎二人。每部分四属部，吏部属部加司封。每属部设郎中、员外郎、主事各一人，寻增侍郎一人。二十二年，改总部为选部。二十九年，定为文选、验封、稽勋、考功四司并五部属，皆称清吏司。建文中，改六部尚书为正一品，设左、右侍中，正二品位侍郎上，除去诸司清吏字。成祖初，悉复旧制。

永乐元年，以北平为北京，置北京行部尚书二人，侍郎四人，其属置六曹清吏司。吏、户、礼、兵、工五曹，郎中、员外郎、主事各一人。刑曹，郎中一人，员外郎一人，主事四人，照磨、检校各一人，司狱一人。寻户曹亦增设主事三人。后又分置六部，各称行在某部。十八年定都北京，罢行部及六曹，以六部官属移之北，不称行在。其留南京者，加“南京”字。洪熙元年，复置各部官属于南京，去“南京”字，而以在北京者加“行在”字，仍置行部。宣德三年复罢行部。正统六年，于北京去“行在”字，于南京仍加“南京”字，遂为定制。景泰中，吏部尝设二尚书。天顺初，复罢其一。

按吏部尚书，表率百僚，进退庶官，铨衡重地，其礼数殊异，无与并者。永乐初，选翰林官入直内阁。其后大学士杨士奇等加至三孤，兼尚书衔，然品叙列尚书蹇义、夏原吉下。景泰中，左都御史王文升吏部尚书，兼学士，入内阁，其班位犹以原衔为序次。自弘治六年二月，内宴，大学士丘濬遂以太子太保、礼部尚书，居太子太保、吏部尚书王恕之上。其后由侍郎、詹事入阁者，班皆列六部上矣。

户部。尚书一人，正二品左、右侍郎各一人，正三品其属，司务厅，司务二人，从九品浙江、江西、湖广、陕西、广东、山东、福建、河南、山西、四川、广西、贵州、云南十三清吏司，各郎中一人。正五品。宣德以后增设山西司郎中三人，陕西、贵州、云南三司郎中各二人，山东司郎中一人。员外郎一人，从五品。宣德七年增设四川、云南二司员外郎各一人，后仍革。主事二人，正六品宣德以后增设云南司主事七人，浙江、江西、湖广、陕西、福建、河南、山西七司主事各二人，山东、四川、贵州三司主事各一人。照磨所，照磨一人，正八品检校一人，正九品。所辖，宝钞提举司，提举一人，正八品，副提举一人。正九品典史一人，后副提举、典史俱革。钞纸局，大使、副使各一人，后革副使。印钞局，大使、副使各一人，后俱革。宝钞广惠库，大使一人，正九品，副使二人，从九品，嘉靖中革。广积库，大使一人，正九品，副使一人，从九品，典史一人，嘉靖中，副使、典史俱革。赃罚库，大使一人，正九品，副使二人，从九品，嘉靖中革。甲字、乙字、丙字、丁字、戊字库，大使五人，正九品，副使六人，从九品，丁字库二人，嘉靖中革一人，并革乙字、戊字二库副使。广盈库，大使一人，从九品副使二人。嘉靖中革。外承运库，大使二人，正九品副使二人，从九品。后大使、副使俱革。承运库，大使一人，正九品副使一人。从九品。嘉靖中革。行用库，大使、副使各一人，后俱革。太仓银库，大使、副使各一人。嘉靖中，革副使。御马仓，大使一人，从九品副使一人。军储仓，大使一人，从九品副使一人，后大使、副使俱革。长安、东安、西安、北安门仓，各副使一人，东安门仓旧二人，万历八年革一人。张家湾盐仓检校批验所，大使、副使各一人。隆庆六年并革。