二十四年，实授总督。奏：“广东各国商舶所集，请饬销货后依期回国，不得住冬；商馆毋许私行交易；毋许贷与内地行商赀本；毋许雇内地厮役。”二十五年，又奏：“粤海关各国商舶出入，例於正税船钞外有各种规礼，应请删除名色，并为归公银若干。各口仆役饭食、舟车诸费，於此覈销。”并下部议行。广西巡抚鄂宝以贵县僮民韦志刚不法，知县石崇光察报，避重就轻，请夺官。上以事由崇光察报，命毋夺官；侍尧奏先经面谕崇光体勘，始行察报，上令逮崇光按鞫。又奏志刚实无不法事，崇光猜疑妄报，仍夺崇光官。上以侍尧与鄂宝各怀意见，饬以“秉虚公，除习气”。

二十六年，召授户部尚书、正红旗汉军都统，袭勋旧佐领。二十八年，授湖广总督。奏：“湖广行销淮盐，抬价病民，请酌中定价。”命两淮盐政高恆赴湖广会议，奏请按淮商成本，酌加馀息，明定限制，从之。加太子太保。

二十九年，调两广总督。右江镇总兵李星垣坐婪贿得罪，命侍尧按鞫，拟绞。上以侍尧尝荐星垣，今拟罪轻纵，责侍尧回护，坐降调。以忧还京师。署工部尚书。三十一年，调署刑部。三十二年，回两广总督任。袭二等昭信伯。三十四年，师征缅甸，命侍尧传檄暹罗。时暹罗方为甘恩敕所据，侍尧以为不宜传檄；以己意宣谕暹罗各夷目，密侦缅甸，苟入境，令擒以献，上韪之。丰顺民硃阿姜谋为乱，督吏捕治。

三十八年，授武英殿大学士，仍留总督任。安南内乱，令广西镇、道严防。入觐，赐黑狐端罩。四十年，兵部以广东民纠党结盟，不数月至五起，当追论武职弛纵罪。侍尧奏言：“武职既协缉，复追论弛纵罪，则规免处分，必致暗为消弭，凶徒转得漏网，请宽之。”上从其请，并谕曰：“侍尧此奏，意在挽回积习。然亦惟侍尧向不姑息属僚，朕所深信，始可为此言。若他人，未可轻为仿效也。”

四十二年，云贵总督图思德奏缅甸投诚，籥请纳贡。上命大学士阿桂往莅其事，并调侍尧云贵总督。缅甸头人孟幹谒侍尧，请缓贡。侍尧偕阿桂奏：“孟幹等语反覆，遵旨断接济，绝侦探，示以威德，不予迁就。”上召阿桂还。缅甸归所留守备苏尔相，侍尧遣诣京师。缅甸乞遣孟幹等还，侍尧谕令归所留按察使衔杨重英，上嘉其合机宜。四十三年，奏获缅甸遣腾越州民入关为谍，送京师。寻奏：“永昌、普洱界连缅甸，拟每岁派兵五千五百，在张凤街、三台山、九龙口诸地防守。”上谕以“揆度边情，不值如此办理”。侍尧复请於杉木陇设大汛，拨腾越兵五百；千崖设小汛，拨南甸兵二百，轮驻巡防；并分守虎踞、铜壁等关。从之。四十五年，云南粮储道海宁诉侍尧贪纵营私状，命尚书和珅、侍郎喀宁阿按治。侍尧自承得道府以下餽赂，不讳，上震怒，谕曰：“侍尧身为大学士，历任总督，负恩婪索，朕梦想所不到！”夺官，逮诣京师。和珅等奏拟斩监候，夺爵以授其弟奉尧。又下大学士九卿议，改斩决，上心欲宽之，复下各直省督抚议。各督抚多请照初议定罪，独江苏巡抚闵鹗元迎上意，奏：“侍尧历任封疆，幹力有为。请用议勤议能之例，宽其一线。”上乃下诏，谓：“罪疑惟轻，朕不为已甚。”改斩监候。

四十六年，甘肃撒拉尔回苏四十三为乱，上遣大学士阿桂视师。特旨予侍尧三品顶戴、孔雀翎，赴甘肃治军事。甘肃冒赈事发，总督勒尔谨得罪，命侍尧领总督事，会阿桂按治。勒尔谨及前布政使王亶望、布政使王廷赞、兰州知府蒋全迪皆坐斩。上命诸州县侵冒二万以上拟斩决，一万以下斩候，於是皋兰知县程栋等二十人皆坐斩。四十七年，奏：“皋兰等三十四?、州、县亏库帑八十八万有奇、仓粮七十四万有奇，请於现任总督以下各官养廉扣抵归补。”上命宽免。又请豁免节年民欠三十万两。旋命予现任品级顶带，加太子太保。四十九年，广东盐商谭达元诉侍尧任两广时，总商沈冀州敛派公费餽送，上命尚书福康安按鞫，请罪侍尧。上责侍尧偿缴公费，免其罪。