崇德三年，更定官制，改左参政。四年，乌真超哈析置八旗四固山，以乔芳兼领正红、镶红两旗梅勒额真。七年，从伐明，克塔山城。乌真超哈八旗复析置八固山，改镶红旗梅勒额真，遂为汉军镶红旗人。八年，或诉贝勒罗洛浑家人夺金，乔芳置不问，坐瞻徇，降世职三等甲喇章京。旋以从克前屯卫、中后所二城，加半个前程。

顺治元年，入关，改左侍郎。从诸军西讨。二年四月，以兵部右侍郎兼右副都御史，总督陕西三边。时张献忠尚据四川，关中群盗并起，叛将贺珍躏汉中、兴安诸府。是年冬，武大定叛固原，徒党甚众。初，上命内大臣何洛会帅师镇西安，至是就拜定西大将军，遣固山额真巴颜、李国翰将禁旅济师。三年，复敕靖远大将军肃亲王豪格帅师督诸将自汉中、兴安入四川取献忠，乔芳於其间亦分遣所部四出捕治。初上官，长安民胡守龙者挟左道惑民，妄改元清光，将为乱，乔芳遣副将陈德捕诛守龙，散其胁从。是年春，贺珍与其徒孙守法、胡向化等以七万人攻西安。何洛会主城守，乔芳遣德军西门，副将任珍军北门，往来冲突，会李国翰师至，贺珍败走。三年十月，肃亲王豪格师既入川，乔芳亦遣总兵官范苏等攻献忠部众，为伏柷溪第沟子，战白水、青川，屡破之；复以反间杀其渠况益勤等，遂收龙安。

四年五月，乔芳帅师出驻固原，讨大定之党，分遣诸将任珍击斩白天爵等；刘芳名攻宁夏，俘王元、焦浴；陈德攻镇原，降姬蛟、王总管：於是固原西北悉定。复遣珍、德及副将马宁、王平徇兴安，讨贺珍之党，战荞麦山，再战板桥，斩胡向宸；困椒沟，破药箭寨，斩孙守法；破漫营山寨，擒米国轸、李世英：於是兴安定。是年秋，马德乱宁夏，复遣马宁会宁夏兵共讨之。战乱麻川，逐至河兒坪，斩德。又遣张勇、刘友元攻铁角城，复战安家川，擒贺宏器；攻李明义寨，擒明义：於是环庆亦定。乃益遣陈德、王平等招降青嘴寨渠折自明，三十六寨渠王希荣，辘轳寨渠高一祥，击斩天峰寨渠张贵人，於是关中群盗垂尽。五年四月，流贼一朵云、马上飞等攻西乡，乔芳遣任珍等讨之，斩所署监军许不惑，凡千馀级，生致其渠。

河西回米喇印、丁国栋挟明延长王识駉为乱，既陷甘、凉，渡河东，残岷、兰、洮、河诸州，薄巩昌。乔芳帅师出驻秦州，遣赵光瑞、马宁等赴援，城兵出，夹击，斩百馀级。宁等复战广武坡，逐北七十馀里，斩三千馀级，巩昌围解。喇印、国栋之党数百人，分扰临洮、岷州内官营。乔芳部勒诸将，令张勇、陈万略向临洮，马宁、刘友元取内官营，赵光瑞、佟透徇岷、洮、河三州。勇等败贼马韩山，斩级七百，进复临洮。光瑞等败贼梅岭，得其渠丁光射，斩级三千。岷、洮、河三州皆下。宁等直击内官营，斩级八百。喇印、国栋之徒退据兰州。闰四月，乔芳与侍郎额塞率师自巩昌薄兰州。勇败贼马家坪，获识駉，与宁、光瑞会师兰州城下，攻拔之。别遣光瑞克旧洮州，其渠丁嘉升走死，师渡河。七月，定凉州。八月，攻甘州，乔芳遣张勇夜攻城，而与昂邦章京傅喀禅及宁、光瑞等为继。喇印等食尽，皆出降。

六年，徵诸道兵下四川。喇印降后授副将，在兰州军中，觇镇兵惮远征，因惎中军参将蒋国泰，戕甘肃巡抚张文衡等，据甘州以叛。国栋亦攻陷凉、肃二州。乔芳帅师自兰州渡河而西，与傅喀禅等会师合围，攻不下，深沟坚垒以困之。喇印等食尽夜遁，乔芳遣兵追及之水泉，击杀喇印。国栋复与缠头回土伦泰等据肃州，号伦泰王，而国栋自署总兵官，城守，出掠武威、张掖、酒泉。会平阳盗渠虞允、韩昭宣等应大同叛将姜瓖为乱，以三十万人陷蒲州，上命乔芳与额塞还军御之。乔芳留勇、宁等围肃州，率师遂东。八月，师自潼关济，督协领根特、副将赵光瑞等克蒲州，斩级七千。进次宁晋，瓖将白璋等六千人往攻荣河，光瑞等击破之，斩级二千有奇。璋北走，师从之，迫河，贼多入水死，遂击斩璋。馀贼入孙吉镇，歼焉。复进向猗氏，行十馀里，瓖所置监军道卫登方以数千人依山拒我师，其将张万全又以四千人助战。光瑞等击斩万全，乃还攻，获登方，斩其将王国贤等三十馀人、级三千有奇。又令章京杜敏等攻解州，破其渠边王张五、党自成等。荣河、猗氏、解州皆下。杜敏等歼馀寇。根特等又破所置都督郭中杰於侯马驿。九月，光瑞等进克运城，斩允、昭宣。瓖之徒内犯者皆尽诛。十一月，勇、宁克肃州，诛国栋、伦泰及其党黑承印等，斩五千馀级。河西平。