总兵以下各官，设稿书、书识，自七人至一人不等。以都司一人管驾长龙船为领哨，守备为副领哨。每哨战船十艘。惟岳州、汉阳系游击营制，而统战船三十三艘，视参将例。左哨都司专任钱粮，右哨都司专任船砲军械及巡查诸务。

大小战船咸设砲位。长龙船千斤头砲二位，七百斤边砲四位，艘砲一位。舢板船八百斤头砲一位，六、七百斤哨砲一位，船边五十斤转珠小砲二位。洋枪刀矛之属，随宜分配。旗帜以桅旗为主，悬方式长龙旗，凡长一丈二尺。舢板船旗长九尺，船艄悬尖式龙旗，书某标某营某哨。桅上小旗，或船首立旗，书驾船将弁之姓，以示区别。

凡驻师之处，渔船由水师编号稽查，以清盗源。其疏防之责，以哨官为专汛，营官为本辖，遇有盗劫，视汛地所辖题参。江、鄂各营，半年更调一次。副将与副将之营互调，参将、游击与参将、游击之营互调。每营调居客汛二次，又调回本汛一次，如承缉盗案未获，则不得更调。

凡副将、参将以下，由本境巡抚节制，总兵由总督节制。土匪猝发，须用战船，由督抚檄调境内水师往剿。总兵奉檄即发兵。督抚调水师操练，亦奉檄即行。其事涉重大者，督抚会同长江提督疏陈。其馀水营政务，由长江提督主持。

饷糈之制，将弁则视其职以定廉养公费。兵丁月饷，每名银三两有差。全军饷糈，由沿江釐捐局指定支拨。

设火药局于湖北、安徽，购硝斤于江苏、江西、湖南。设子弹局于湖南之长沙。设造船厂于湖北之汉阳，江西之吴城，江南之草鞋夹。战船均三年一修，十二年更换。

定水师事宜三十条，未尽者续定十条。银米有稽，铨补有章，训练有规。郑重江防，严申禁约，有犯必惩。自荆州以达海门，沿江数千里，称天堑雄师。至光绪季年，特命大臣查阅长江营伍，实存长龙、舢板战船七百六十二艘，飞划船六百四十二艘，水师弁兵一万有七十九人。

其自荆州以上，溯江至宜昌、巴东，汉阳以上，溯江至襄阳、郧阳，湖南之湘江、沅江，江西之吴城，以上诸河，各疆吏自设防营。其淮河一带，自正阳关至洪泽湖，及江苏境各支河水师，隶淮阳镇标，光绪间，改设江北提督。凡清江营、洋河营、庙湾营、佃湖营、洪湖营、苇荡营咸隶之。自镇江以东，内河各汛及太湖水师五营，则统以江南提督。凡各省内河有水师者，悉改旧式，一准长江水师。其海口原有之狼山镇、福山镇，仍如前制，由镇将督率大号战船，巡防内海。惟狼山镇兼隶长江水师提督，每营设大舢板船二十艘，并仿红单、拖罟船式，设大号战船数艘，多置砲位，为巡缉内洋之用。其长江水师营制防汛列后：

岳州设总兵官，置中军中营游击，战船三十三艘，仿参将营之例，分防自城陵矶至鹿角、垒石、泸陵潭、湘阴一带。沅江设参将，属岳州镇左营，分防君山、西湖及常德、龙阳、华容等河通洞庭湖之处。其沅、湘等水汛，由湖南省别行设防。荆州设副将，属岳州镇后营，分防自荆州以下江面，石首、监利一带，至荆河口止。陆溪口设游击，属岳州镇前营，分防自荆州河以下江面，螺山、新堤及倒口内之黄盖湖。

汉阳设总兵官，置中军中营游击，战船三十三艘，仿参将营之例，分防自沌口以下江面，至团风等处，并防省城两岸，后湖、青林湖。其汉水上通樊城千馀里及各河汊，由湖北省别行设防。簰洲设参将，属汉阳镇后营，分防自倒口以下江面至沌口，兼防金口以内之斧头湖。巴河设游击，属汉阳镇右营，分防自团风以下江面，黄州、兰溪至道士洑，兼樊口以内之梁子湖。田家镇设副将，属汉阳镇前营，分防自道士洑以下江面，湋源口、蕲州、武穴至陆家嘴，兼防湋源口及隆平以内之湖。

湖口设总兵官，置中军中营游击，分防自陆家嘴以下江面，至九江老洲头。吴城设参将，属湖口镇左营，分防自湖口以内姑塘、南唐、渚矶一带。饶州设参将，属湖口镇后营，分防都昌、鄱阳、康山一带。其彭蠡湖东境各湖，南达省城赣江，由江西省别行设防。华阳镇设游击，属湖口镇右营，分防自老洲头以下江面，彭泽县、香口至东流等处，兼防吉水沟以内各湖。安庆府设副将，属湖口镇前营，分防自东流以下江面，黄石矶、李阳河至枞阳，兼防北岸盐河及枞阳以下，南岸通殷家汇之河。