世界杯后的一个赛季，巴乔在33场比赛贡献14球，但仍难以被球迷接受，因为在那个赛季，当尤文图斯和佛罗伦萨相遇时，尤文图斯获得一个点球，但巴乔拒绝主罚，他本是球队固定的点球射手。队友德阿戈斯蒂尼前去主罚，但失误了。

事后，巴乔解释说，自己的选择纯粹是技术性质的，因为佛罗伦萨门将马雷吉尼几个月前还在和他一起练习点球，他是太熟悉巴乔了。

在对待巴乔的态度上，佛罗伦萨球迷也是分裂的。这场比赛巴乔表现平平，被提前换下，他同时听到了掌声和嘘声。

接近更衣室入口的地方，一名球迷把佛罗伦萨的紫色围巾扔下看台，巴乔没有任何思索就捡起了围巾。

也就是从那一刻起，巴乔就注定了永远不会被尤文图斯球迷原谅，无论是此后的训练还是比赛中，巴乔都会遭到尤文球迷攻击。这个赛季也是尤文史上最黑暗的一页，最终排名第6，28年来第一次无缘欧洲三大杯。

1991/1992赛季，老阿涅利请来特拉帕托尼,巴乔很快就和他建立了良好关系，尽管特拉帕托尼将他的位置稍稍移后了，但巴乔仍在32场比赛贡献18球。

接下来的一个赛季，尤文图斯引进维亚利，目的很明显，要向ac米兰发起冲击,巴乔在整个赛季中贡献了21球，但冠军仍属于ac米兰。

但那个赛季，尤文图斯赢得了联盟杯，在对巴黎圣日耳曼的两场半决赛，巴乔展现出最好状态，一共三次攻破对方球门。

决赛的对手是多特蒙德，巴乔在第一回合客场攻入两球，尤文图斯3：1取胜，第二回合回到主场，巴乔戴上队长袖标，德国人斗志全无，他终于捧起一座国际性奖杯。

很多意大利人都认为，1993年的巴乔是最值得记忆的巴乔，在那个赛季的上半程，巴乔攻入10球，年终的时候，如愿捧起欧洲金球奖，这是继里维拉和罗西后第三个获得这项荣誉的意大利人。[www.mhtxs.info 超多好看小说]同年，他还获得国际足联颁发的世界足球先生称号。

那个赛季，巴乔攻入了17球，那一年，巴乔脑后的小辫子越长越长，“马尾”成为了世界足球赛场上的一个重要标志，1994年，也是巴乔职业生涯中饱受争议的一年，世界杯小组赛上状态低迷，进入第二阶段突然爆发，决赛中又踢飞点球。

世界杯上的失意，在尤文图斯，情况也在发生转变，由于联赛冠军始终远离尤文，俱乐部进行了彻底重组，领导层变为了莫吉-贝特加-吉拉乌多三驾马车，里皮成了主教练。

里皮改变了球队构造，他希望建立一支缺少任何球员，都能继续比赛的尤文图斯，维亚利被任命为新领袖，这标志着尤文图斯向“肌肉型”转变。

问题仍是伤病带来的，1994年11月24日，在对帕多瓦一役，巴乔左膝受伤了，此后他错过多场比赛，而尤文图斯却立刻发掘出皮耶罗，赛季结束，尤文图斯如愿以偿的夺得联赛冠军，但英雄是维亚利、保罗.索萨和皮耶罗。

巴乔在队内的地位也开始有了微妙的变化，他不再是不可或缺的那一个，尤文图斯的目的很清楚，在拥有皮耶罗的情况下，没有必要和28岁的巴乔续约。

最希望得到巴乔的是莫拉蒂，他甚至和老阿涅利达成协议，但巴乔拒绝了国际米兰，1995年7月5日，ac米兰宣布得到巴乔。

对于刚刚坐上国际米兰主席位置的莫拉蒂来说，他第一次尝到了被欺骗的滋味，因为贝鲁斯科尼和加利亚尼在几周前还信誓旦旦地告诉他，ac米兰对巴乔不感兴趣。

告别尤文图斯，意味着巴乔职业生涯中的一次失败，因为他几乎是被老妇人抛弃的，人们都认为他的职业生涯走向了下坡路，未来将属于皮耶罗，如果说以往的失败都是巴乔和另外10名队友共同承担的结果，这一次，他却是唯一的输家。

巴乔加盟ac米兰时，红黑军团刚结束联赛三连冠的辉煌，1994/1995赛季仅获得联赛第四名。

巴乔很快就融入球队，但他和卡佩罗关系却不融洽，34轮联赛中，巴乔28次首发，但17次被中途换下，另外还有两次替补出场。

整个赛季，巴乔仅有9场比赛踢满90分钟，ac米兰以8分的优势重新夺得了联赛冠军，但对于巴乔来说，就和一个赛季前在尤文图斯一样，他并不为夺冠感到特别的快乐。

接下来的一个赛季，卡佩罗前往皇马，ac米兰主帅变成塔巴雷斯，贝鲁斯科尼和塔巴雷斯都在夏天假期结束时好好地鼓励了巴乔，罗比也相信，这个赛季将属于他。

结果，巴乔却总是被放在板凳席上，ac米兰成绩一塌糊涂，塔巴雷斯走人，萨基重返米兰，他和巴乔在国家队的矛盾在俱乐部里重新爆发，巴乔也度过了一个无比黑暗的赛季。

1997年夏，卡佩罗回归ac米兰，他和巴乔通了电话，巴乔立即明白要走人了。

卡佩罗建议俱乐部卖掉巴乔的话可以进入历史：“对于这样一个已30岁，而且合同将要到期的球员来说，最好的办法是让他加盟另外一支球队。”

尽管连续三年过得都不愉快，但巴乔的崇拜者仍是最多的，1997年7月9日，ac米兰和帕尔马达成了关于巴乔的转会协议。

巴乔得到了整个帕尔马城的欢迎，但当时的帕尔马主帅安切洛蒂却坚决反对，他甚至不惜以辞职相要挟，理由是，巴乔会破坏基耶萨和克雷斯波的组合。

在安切洛蒂的坚决反对下，帕尔马不得不作出放弃，1997年7月16日，巴乔参加了ac米兰的赛季前训练。一些球迷自发地来到训练基地，请巴乔留下来。但两天后，还是博洛尼亚主席加佐尼宣布了巴乔加盟的消息，转会费为50亿里拉。

巴乔来到了博洛尼亚，俱乐部为他准备好了10号球衣，24小时后，巴乔已在一场热身赛为新东家打入一粒点球。他看到球迷的热情如潮水般汹涌，这证明巴乔一直都是多数意大利人的英雄。

为了重生，巴乔剪掉了自己脑后的马尾，以标志一个全新的开始，在博洛尼亚，巴乔真的就好像是重生了一样，博洛尼亚在他双脚的魔法下高歌猛进。

然而，当时博洛尼亚主教练乌里维利和巴乔的关系却并不好，直到1998年1月18日彻底爆发，博洛尼亚和尤文图斯的比赛前，巴乔已经准备好了给老东家一记痛击。

然而，比赛前一天，乌里维利却宣布，巴乔将不会首发，巴乔感到震惊，矛盾在赛前一天全面爆发。

乌里维利先是宣布辞职，后来又改变了主意，两人在多方的压力下达成和解，但这只可能是表面上的。

剩下的赛季里，巴乔的状态一轮好过一轮，他策划的进攻美轮美奂，让人想起了年轻时代的巴乔。在对ac米兰一役，巴乔独进两球，3：0战胜了卡佩罗的球队，那个赛季，卡佩罗的ac米兰整整比博洛尼亚少了四个积分。

22球是巴乔职业生涯的单季最高纪录，在射手榜上他只落后于比埃霍夫和罗纳尔多，赛季结束后，他如愿参加了法国世界杯。

虽然在法兰西，巴乔又一次度过了失意的世界杯旅程，但是在博洛尼亚的成功，让巴乔决定改变俱乐部，去一支更强大的球队，以获得自己未曾获得过的一些荣誉，例如冠军杯。

莫拉蒂原谅了巴乔三年前的拒绝，再次对他发出邀请。

国际米兰在之前的一个赛季刚刚夺得了联盟杯，在联赛中也差点夺冠，仅因为一个漏判的点球而输给尤文图斯。

罗纳尔多经历了一次充满失望和痛楚的世界杯，球迷们仍认为国际米兰非常强大，他们期待着罗纳尔多加巴乔的超级组合。

但是那个赛季，国际米兰混乱无比，巴乔的状态也受到了影响，整个赛季，他出场23次，攻入5球，和大多数球星一样的下场，他没有获得成功，西蒙尼中途被解职，此后莫拉蒂使用三名教练：卢塞斯库、卡斯特里尼和霍奇森。

接下来的一个赛季，为了重振旗鼓，莫拉蒂决定请来里皮，在得知这个决定时，巴乔的脑海里出现的，只有当年和里皮不睦的情景，甚至可以说，里皮是让巴乔被尤文图斯抛弃的一个重要原因，但里皮给巴乔打了电话，表示自己完全信任他，希望他可以留下来。

但两人的不睦来自于互不理解，在国际米兰的季前训练中，矛盾就已重新爆发了，巴乔后来回忆说：“他让我帮助他偷偷留意，哪些球员有意不好好踢，这本是他的工作，他却想让我成为他的间谍。”

虽然在那个赛季，巴乔几次在关键比赛当中进球，但与里皮的关系只有继续恶化的可能，赛季结束，国际米兰和帕尔马同分并列第四，两队必须进行附加赛，以确定谁获得参加冠军杯资格赛的名额。

2000年5月23日，两队在维罗纳决战，尽管知道自己将会走人，但巴乔仍全力以赴，以两球帮助国际米兰战胜对手，获得了参加冠军杯资格赛的权利，那也是他在国际米兰的最后一次比赛。

2000年的夏天，巴乔几乎已被整个意大利遗忘了，他独自在住所附近的小球场训练，此时他收到的邀请都来自国外，日本人更是不惜一切代价希望得到他，但巴乔只有一个目标，就是参加2002年世界杯，他明白，要达到目的，最好的办法是留在意大利赛场。

南方的那不勒斯和雷吉纳都对巴乔发出了邀请，巴乔思考很久，直到9月份还没有新东家，当传言纷纷说巴乔将加盟乌迪内斯时，布雷西亚宣布得到这位巨星。